宋元時(shí)，東林鎮(zhèn)區(qū)（含錦山）及周?chē)粠Т宸粚贇w安縣長(zhǎng)壽鄉(xiāng)，青山集鎮(zhèn)及周?chē)粠Т宸粚贋醭炭h永新鄉(xiāng)[清同治《湖州府志》卷四引宋嘉泰《吳興志》、1947年1月吳興縣文獻(xiàn)委員會(huì)出版《吳興縣行政區(qū)劃沿革》]。
明清時(shí)，屬烏程縣一區(qū)、歸安縣十八至二十區(qū)。
1912年初，屬中錦鎮(zhèn)、菁山鄉(xiāng)。
1935年擴(kuò)并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，轄境為東林鄉(xiāng)、錦驤鄉(xiāng)、泉溪鄉(xiāng)、保山鄉(xiāng)和石麟鄉(xiāng)南部、菁山鎮(zhèn)。
抗戰(zhàn)勝利后，東林、錦驤、保山三鄉(xiāng)和石麟鄉(xiāng)南部合并為東林鄉(xiāng)。
中華人民共和國(guó)成立初為東林、東保、錦山、泉溪、菁山五鄉(xiāng)，屬吳興縣。
1956年4月，東林、東保、錦山、泉溪四鄉(xiāng)并為東林鄉(xiāng)。
1958年10月，為菱湖公社東林、東保、東華、錦泉4個(gè)生產(chǎn)管理區(qū)。
1961年改建東林、錦山、菁山3個(gè)公社。
1983年11月屬湖州市郊區(qū)，1984年2月改鄉(xiāng)，1988年11月撤郊區(qū)直屬湖州市。
1996年1月，東林、錦山撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。
1999年10月，錦山鎮(zhèn)并入東林鎮(zhèn)。
2001年6月，青山鄉(xiāng)并入。
2003年1月11日，屬吳興區(qū)。