明宣德五年（1430）屬石灣（桐鄉(xiāng)縣）、石門鎮(zhèn)（崇德縣）。
清時改為玉溪鎮(zhèn)。
清宣統(tǒng)三年，復稱石門鎮(zhèn)。
1950年3月21日，崇德縣石門鎮(zhèn)與桐鄉(xiāng)縣石灣鎮(zhèn)合并，稱石門鎮(zhèn)，隸崇德縣。
1958年10月成立石門人民公社，石門鎮(zhèn)劃入人民公社。
1958年11月21日，桐鄉(xiāng)、崇德兩縣合并，稱桐鄉(xiāng)縣，石門鎮(zhèn)隸桐鄉(xiāng)縣。
1987年2月9日經浙江省民政廳批復，石門鄉(xiāng)并入石門鎮(zhèn)。
1998年11月經浙江省民政廳批復，安興鄉(xiāng)并入石門鎮(zhèn)。
2001年10月10日經浙江省民政廳批復，羔羊鄉(xiāng)并入石門鎮(zhèn)。