原高二村解放初屬山門鄉(xiāng)，1950年屬東嶼鄉(xiāng)，1952年為高墩鄉(xiāng)高墩村，1956年屬東嶼鄉(xiāng)高墩高級(jí)社，1958年屬東嶼大隊(duì)（管理區(qū)），1961年為東嶼公社高二大隊(duì)，1984年稱高二村委會(huì)，屬東嶼鄉(xiāng)，1992年隨東嶼鄉(xiāng)并入山門鎮(zhèn)；原高一村解放初屬山門鄉(xiāng)，1950年屬東嶼鄉(xiāng)，1952年為高墩鄉(xiāng)高墩村，1956年屬東嶼鄉(xiāng)高墩高級(jí)社，1958年屬東嶼大隊(duì)（管理區(qū)），1961年為東嶼公社高一大隊(duì)，1984年稱高一村委會(huì)，屬東嶼鄉(xiāng)，1992年隨東嶼鄉(xiāng)并入山門鎮(zhèn)。
2019年，撤銷高一村、高二村，合并建立高墩村。