解放前夕，居民全部被國民黨劫往臺(tái)灣。
1955年解放后從大陸各地移民前來定居，開發(fā)生產(chǎn)。
1958年由上百畝坪、馬祖岙、三腳龍合并，屬南麂大隊(duì)（管理區(qū)）。
1961年為南麂公社上馬龍大隊(duì)。
1968年改稱前進(jìn)大隊(duì)。
1981年改名馬祖岙大隊(duì)，屬南麂公社。
1983年稱馬祖岙村委會(huì)，屬南麂鄉(xiāng)。
1997年屬南麂鎮(zhèn)。
2011年隨南麂鎮(zhèn)并入鰲江鎮(zhèn)。
2016年復(fù)屬南麂鎮(zhèn)。
2019年撤銷馬祖岙村、門嶼尾村合并建立馬祖岙村。