明清時期，轄區(qū)范圍海鹽塘東屬嘉興縣永豐鄉(xiāng)，海鹽塘西屬嘉興縣大彭鄉(xiāng)。
清朝中葉，置余賢汛。
清咸豐庚申年間，太平天國曾一度在此建立政權(quán)，設(shè)鄉(xiāng)官以治，后復置余賢汛。
1930年嘉興劃為七區(qū)，第六區(qū)為余賢區(qū)，余賢埭屬其管轄。
1947年春，余賢埭、新社寺合并，始稱余新。
1949年7月嘉興縣政府在余新鎮(zhèn)范圍內(nèi)建立余新鄉(xiāng)、長秦鄉(xiāng)、漢塘鄉(xiāng)，部分為曹莊、呂塘、南塘三個鄉(xiāng)屬地。
1956年余新鄉(xiāng)、余西鄉(xiāng)、曹王鄉(xiāng)（5個代表區(qū)）和長秦鄉(xiāng)（2個代表區(qū)）合并為余新鄉(xiāng)；曹莊鄉(xiāng)、呂塘鄉(xiāng)、南堰鄉(xiāng)（共5個代表區(qū)）合并為曹莊鄉(xiāng)。
1958年10月余新鄉(xiāng)改為余新人民公社，曹莊鄉(xiāng)改為曹莊人民公社。
1960年3月余新、曹莊兩公社合并為余新人民公社。
1961年9月又重新分設(shè)。
1984年1月余新公社改為余新鄉(xiāng)，曹莊公社改為曹莊鄉(xiāng)，屬嘉興市郊區(qū)。
1985年10月余新鄉(xiāng)改為余新鎮(zhèn)。
1998年5月撤銷曹莊鄉(xiāng)并入余新鎮(zhèn)。
2000年5月屬嘉興市秀城區(qū)。
2001年10月余新鎮(zhèn)呂塘村、八里村劃歸大橋鎮(zhèn)。
2005年5月屬嘉興市南湖區(qū)。
2007年10月余新鎮(zhèn)東洋浜村劃歸大橋鎮(zhèn)。
2011年7月余新鎮(zhèn)永豐村、建成村、興明村、南江村和石堰社區(qū)劃歸長水街道。