明宣德四年（1429）三月，巡撫、大理寺卿胡槩巡視江南后，以地廣賦繁奏請劃增縣，翌年三月二十八日敕分嘉興縣東北境之遷善、永安、奉賢三個完整鄉(xiāng)和胥山、思賢、麟瑞三鄉(xiāng)之部分置嘉善縣，定治魏塘，隸嘉興府。
清循明制。
咸豐十年（1860）至同治二年（1863），太平天國曾在境內(nèi)建立地方政權(quán)。
1912年廢府，屬錢塘道。
1927年道廢，直屬省轄。
1932年全省設(shè)12個縣政督察區(qū)，屬第二縣政督察區(qū)，次年仍改稱第二區(qū)。
1948年4月屬第一行政督察區(qū)管轄。
1949年5月嘉善解放，隸屬浙江省第一專員公署，11月改屬嘉興專署。
1951年3月楓涇鎮(zhèn)區(qū)及姚家夏家兩村劃歸江蘇省松江縣。
1958年11月嘉善縣建制撤銷，并入嘉興縣。
1961年4月重新建制嘉善縣。
1983年8月，實行市轄縣制，隸屬嘉興市，至今。