據(jù)史料記載，北宋乾德二年（964），于自然鎮(zhèn)東南首建造了凈眾寺，治平二年（1065）將鎮(zhèn)名定為“大云寺”，明代曾稱“蓉溪鎮(zhèn)”，又名凈眾、凈云。
清光緒年間，大云寺漸成市鎮(zhèn)，又將蓉溪鎮(zhèn)名改回“大云寺”，清光緒《嘉善縣志》有“大云寺”鎮(zhèn)名記載，人們習慣稱“大云寺”。
民國初期改稱大云鎮(zhèn)。
1949年5月解放，6月建立大云鄉(xiāng)。
1958年10月大云、大通、惠民3鄉(xiāng)合并成立惠民公社。
1961年4月從惠民公社析出，成立大云人民公社。
1983年10月改公社為鄉(xiāng)。
1988年撤銷大云鄉(xiāng)，建立大云鎮(zhèn)至今。