13世紀(jì)蒙古軍隊(duì)進(jìn)入藏北地區(qū)，占據(jù)那曲，稱之為巴爾達(dá)金格爾宗，元朝中央政府在藏北地區(qū)設(shè)有驛站，管理過往郵差事務(wù)和地方事務(wù)。
17世紀(jì)中葉，甘丹頗章地方政權(quán)時(shí)期，那曲縣先由蒙古和碩特部落首領(lǐng)固始汗統(tǒng)治，后歸西藏地方政府管轄。
清乾隆十五年（1750，藏歷第十三饒迥鐵羊年），中央政府派兵平息珠爾默特那木扎勒事件后，在那曲建立坎襄宗，屬西藏地方政府管轄，由堪布和部落首領(lǐng)行使管理權(quán)。
乾隆三十九年（1774），坎襄宗更名為黑河宗。
1920年，西藏地方政權(quán)在那曲設(shè)絳曲基巧（黑河總管），黑河宗歸絳曲基巧管轄。
1956年11月，成立黑河辦事處，屬黑河基巧辦事處管轄。
撤銷黑河、朗如2個(gè)宗和恩果、新格爾2個(gè)溪，設(shè)立黑河、安多、班戈縣。
1960年1月，國(guó)務(wù)院正式批準(zhǔn)撤銷黑河宗設(shè)置黑河縣，隸屬那曲專區(qū)。
1965年11月，黑河縣更名為那曲縣。
2017年7月，撤銷那曲地區(qū)，設(shè)立地級(jí)那曲市，那曲縣改置為那曲市色尼區(qū)。