本村為托克遜縣唯一的哈薩克族牧民聚居地。
1943年在托克遜縣北界卡塔汗山北坡放牧的迪化（現(xiàn)烏魯木齊）牧民三蓋巴依，米西尕林登等9戶哈薩克牧民因越界放牧引起草場糾紛，省政府派專人來處理，由于這9戶牧民持有通溝地方的土地證，便將這9戶牧民劃歸托克遜縣。
后從烏魯木齊托里牧場及阿勒泰遷來5戶。
1956年通溝村改為牧業(yè)鄉(xiāng)。
1958年為河東公社牧業(yè)大隊。
1977年，通溝大隊與先鋒公社牧場合并，為先鋒公社通溝大隊。
1984年建庫加依鎮(zhèn)時，命名為通溝村村民委員會。