西漢為車師后國(guó)等山北游牧小國(guó)地，神爵三年(前59)隸西域都護(hù)府。
唐為庭州屬地，長(zhǎng)安二年(702)置北庭大都護(hù)府治金滿(今吉木薩爾縣)。
宋屬高昌回鶻。
元屬別失八里行尚書省。
明為蒙古和碩特游牧地。
清乾隆三十八年(1773)隸迪化直隸州。
光緒十二年(1886)隸迪化府。
民國(guó)十八年(1929)屬迪化行政區(qū)。
1954年成立昌吉回族自治區(qū)，轄昌吉、烏魯木齊、米泉3縣。
次年改為昌吉回族自治州。
1958年撤烏魯木齊專區(qū)，所屬瑪納斯、呼圖壁、阜康、吉木薩爾、奇臺(tái)、木壘6縣并入昌吉回族自治州。
1959年烏魯木齊縣劃歸烏魯木齊市。
1975年瑪納斯縣劃入石河子地區(qū)，1978年瑪納斯縣復(fù)劃歸昌吉回族自治州。