據(jù)考古發(fā)掘，自新石器時代起，東馬圈周邊地區(qū)即有人類活動遺跡。
境內(nèi)最早的考古發(fā)現(xiàn)為遼元時期村落遺址，分別為董標(biāo)垡、小蘑菇屯、半城遺址。
由此可見，至少在遼元時期，東馬圈境內(nèi)既有村落形成，距今已一千多年。
自遼代起，境內(nèi)曾經(jīng)歷六次徙民遷入。
明朝洪武初年以后，各路移民來此定居，依河建村，憑馬房、馬圈立戶。
清末東馬圈只有幾十戶人家，到光緒七年（1881年）境內(nèi)已有13個村，533戶人家，旗糧地13700000平方米。
廟宇34座，學(xué)堂17個，街道26條，井81口。
呈現(xiàn)出村村有街道，村村有水井，村村有廟宇，村村有學(xué)堂的初步繁榮景象。
光緒二十二年（1896年），京山鐵路天津段通車后，因緊靠落垡車站，經(jīng)濟(jì)日漸繁榮，人口逐年增多。
1914年武清縣屬京兆特別區(qū)，境域隨之歸屬。
1928年撤銷京兆尹公署。
武清隸屬河北省，缺列一等縣，境域隨之歸屬。
1934年，武清縣設(shè)八區(qū)，轄369個自治鄉(xiāng)。
因東馬圈緊臨京山鐵路，相對繁華，設(shè)為鄉(xiāng)置。
1953年縣實行區(qū)、鄉(xiāng)兩級建制，東馬圈區(qū)下轄11鄉(xiāng)，39個村。
1957年，撤區(qū)并鄉(xiāng)，十一區(qū)改為東馬圈鄉(xiāng)。
1958年，東馬圈鄉(xiāng)和豆張莊鄉(xiāng)合并，改為東馬圈人民公社。
1968年東馬圈公社成立革命委員會。
1995年5月1日，經(jīng)天津市民政局批準(zhǔn)，東馬圈鎮(zhèn)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，改稱東馬圈鎮(zhèn)，名稱沿用至今。