民國(guó)時(shí)期屬通天鄉(xiāng)第六保，1951年改為馬深鄉(xiāng)第二村，1955年為通天鄉(xiāng)紅光一社，1958年為通天公社九管理區(qū)，1962年為馬深公社二大隊(duì)，1967年改為紅旗公社二大隊(duì)，1972年改為馬深公社二大隊(duì)，1981年地名普查時(shí)命名為馬深公社蓬溪大隊(duì)，1984年社改鄉(xiāng)時(shí)定為馬深鄉(xiāng)蓬溪村，1987年12月將馬深鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)。
將馬深、太蓬合并時(shí)，將原屬馬深鄉(xiāng)蓬溪村的一、二、三、四組定為太蓬鄉(xiāng)管轄，又將蓬溪村的五、六、七組劃歸通天鄉(xiāng)管轄。
1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)后為消水鎮(zhèn)蓬溪村，1994年9月建制調(diào)整，從消水鎮(zhèn)劃出，為太蓬鄉(xiāng)蓬溪村。
2020年，村級(jí)建制調(diào)整，撤銷西門村、鯉魚村和蓬溪村，合并設(shè)立蓬溪村（營(yíng)府函〔2020〕72號(hào)）。