解放前屬越溪鄉(xiāng)第5保。
1951年由第5保劃出石板屋基、四方碑組建水源村，隸屬永建鄉(xiāng)。
1958年置水源大隊，屬越溪管區(qū)。
1961年改屬永建鄉(xiāng)人民公社。
1968年屬永建公社。
1978年屬永建片。
1980年又屬永建公社。
1984年復名水源村，隸屬永建鄉(xiāng)。
1991年將新聯(lián)村的第1、4、5村民組劃入，名稱仍舊，改屬玉林鄉(xiāng)。
1992年屬越溪鎮(zhèn)，2020年村級建制調(diào)改革整越溪鎮(zhèn)黃桷村并入水源村，名稱仍舊，改越溪鎮(zhèn)水源村至今。