1949年為興隆鄉(xiāng)第8保；1950年為興隆鄉(xiāng)農(nóng)協(xié)會(huì)第8分會(huì)；1951年土改建政，成立興隆鄉(xiāng)人民政府，為興隆鄉(xiāng)第8村；1954年名翻身村；1958年成立人民公社，為興隆人民公社第11耕作區(qū)；1959年因避重名，興隆人民公社更名為兩路口人民公社，為兩路口人民公社第11耕作區(qū)；1961年體制下放時(shí)，為兩路口公社第11生產(chǎn)大隊(duì)；1980年地名普查時(shí)，命名為馬祖大隊(duì)；1983年改公社為鄉(xiāng)，大隊(duì)為村；命名為馬祖村。
1988年11月兩路口撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，屬兩路口鎮(zhèn)；2005年8月兩路口鎮(zhèn)更名為馬祖鎮(zhèn)，屬馬祖鎮(zhèn)至今。