木里原屬鹽源一個轄區(qū)，秦統(tǒng)一中國后，置越焦郡定管縣（即今鹽源）。
唐朝改定管縣為昆明縣，屬越焦郡，后一度為吐蕃、南治所占。
宋時歸南治政權(quán)所轄。
元代屬德平路，改昆明縣為潤鹽縣。
明置建昌衛(wèi)，設(shè)千、百戶土司。
清置寧遠(yuǎn)府，改潤鹽縣為鹽源縣，為四川省所轄。
民國時期，鹽源縣為寧屬屯墾委員會所轄。
1953年2月19日正式成立木里藏族自治區(qū)（縣級），縣治原駐瓦廠，歸屬四川省西昌專區(qū)管轄。
1955年5月，改為木里藏族自治縣，1961年遷至博凹，今喬瓦鎮(zhèn)。
1978年10月并入涼山彝族自治州，名稱一直沿用至今。