北魏景明元年(500年）設(shè)縣，縣境原屬商縣南部，稱南商縣，治所層峰驛（今皂角鋪），屬萇和郡。
隋初撤銷南商縣并入上洛郡之商洛縣。
唐、五代、北宋均屬商州之商洛縣。
元代屬商州直轄。
明成化十三年（1477年），以地處商山之南設(shè)商南縣，屬西安府商州，治所層峰驛。
明成化十七年（1481年）遷至層峰鎮(zhèn)（今城關(guān)鎮(zhèn)）。
清代屬直隸商州。
1913年屬漢中道。
1935年屬第四專員公署行政督察區(qū)。
1935年紅二十五軍曾在境內(nèi)的兩岔河、腰莊、七盤磨、梁家墳等地建立了蘇維埃政權(quán)。
1946年建立鄂豫陜革命根據(jù)地。
1947年商洛地委、商洛軍分區(qū)在趙川成立，建立豫陜鄂革命根據(jù)地。
1949年屬陜南行政公署第二分區(qū)轄。
1950年5月屬商洛專區(qū)。
1969年屬商洛地區(qū)。
2001年8月屬商洛市。
下轄9個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)街道辦，18個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)，108個(gè)村民委員會(huì)。