解放初期書院、新港地區(qū)先后分屬南匯縣城區(qū)、南匯縣第六鄉(xiāng)鎮(zhèn)聯(lián)合辦事處、老港區(qū)、大團(tuán)區(qū)、泥城區(qū)管轄。
1957年南匯縣撤區(qū)并鄉(xiāng)，分設(shè)新港鄉(xiāng)、書院鄉(xiāng)，直屬南匯縣管轄。
1958年建立書院人民公社，新港鄉(xiāng)分屬老港人民公社和書院人民公社。
1959年6月以原新港鄉(xiāng)范圍建立新港人民公社。
1960年3月5日在東南沿海人民塘外側(cè)建立南匯縣機(jī)耕農(nóng)場(chǎng)。
1963年12月劃歸上海市農(nóng)墾局管轄，改名為東海農(nóng)場(chǎng)。
1967年初改名為紅衛(wèi)農(nóng)場(chǎng)，1968年恢復(fù)原名。
1973年底將4158畝土地劃給五七農(nóng)場(chǎng)（今蘆潮港農(nóng)場(chǎng)）。
1974年10月又將5546畝土地劃給朝陽農(nóng)場(chǎng)。
1984年4月政社分社，書院、新港人民公社改為書院鄉(xiāng)、新港鄉(xiāng)。
8月朝陽農(nóng)場(chǎng)并入東海農(nóng)場(chǎng)，改名為東海農(nóng)場(chǎng)朝陽地區(qū)。
1985年1月成立朝陽實(shí)業(yè)公司，隸屬于東海農(nóng)場(chǎng)。
1988年4月朝陽實(shí)業(yè)公司與東海農(nóng)場(chǎng)分開，恢復(fù)朝陽農(nóng)場(chǎng)建制。
1995年9月撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，分別建立書院鎮(zhèn)、新港鎮(zhèn)。
2001年8月南匯縣撤縣建區(qū)，書院鎮(zhèn)、新港鎮(zhèn)均屬南匯區(qū)。
2003年5月撤銷原書院鎮(zhèn)、新港鎮(zhèn)以及東海農(nóng)場(chǎng)社區(qū)建制，建立新的書院鎮(zhèn)。
2009年5月隸屬浦東新區(qū)。