本縣行政區(qū)劃屢經(jīng)變更。
崇明五代初設(shè)鎮(zhèn)，宋時(shí)建場(chǎng)，元時(shí)建州，明代設(shè)縣，以后建置基本未變。
明正德年間（1506-1521年）設(shè)城廓周圍鄉(xiāng)村和東仁、西義、道安等鄉(xiāng)，下轄東南、東北、西南、西北、西沙南區(qū)和西沙北區(qū)6個(gè)區(qū)、110里。
清康熙年間（1662-1722年）仍設(shè)4鄉(xiāng)，下轄6區(qū)、110里。
雍正年間（1723-1735年）縣以下設(shè)4鄉(xiāng)，轄28區(qū)，其中東仁鄉(xiāng)轄響沙上區(qū)、響沙中區(qū)、吳家沙區(qū)、仙景沙區(qū)、南沙下區(qū)、箔沙上區(qū)、箔沙中區(qū)、箔沙下區(qū)、聯(lián)福沙區(qū)、高頭沙區(qū)等10區(qū)；西義鄉(xiāng)轄小團(tuán)沙區(qū)、孫家沙區(qū)、新鎮(zhèn)沙上區(qū)、東阜沙區(qū)、平洋沙區(qū)、半洋沙區(qū)、永興沙區(qū)等8區(qū)；道安鄉(xiāng)轄長(zhǎng)沙上區(qū)、長(zhǎng)沙下區(qū)、南沙中區(qū)等3區(qū)；德寧鄉(xiāng)轄響沙下區(qū)、袁家沙區(qū)、東三沙區(qū)、永寧沙西區(qū)、永寧沙東區(qū)、仙景沙中區(qū)、仙景沙下區(qū)等7區(qū)，后在城區(qū)又增設(shè)長(zhǎng)沙中區(qū)。
1912至1928年設(shè)城市、堡市和25個(gè)鄉(xiāng)。
1928年3月1日外沙10個(gè)鄉(xiāng)劃出另設(shè)啟東縣。
1929年8月設(shè)7個(gè)區(qū)，下轄21個(gè)鎮(zhèn)、119個(gè)鄉(xiāng)，其中一區(qū)（中央?yún)^(qū)）轄2個(gè)鎮(zhèn)、20個(gè)鄉(xiāng)，二區(qū)（豐安區(qū)）轄4個(gè)鎮(zhèn)、17個(gè)鄉(xiāng)，三區(qū)（新庶區(qū)）轄1個(gè)鎮(zhèn)、16個(gè)鄉(xiāng)，四區(qū)（東堡區(qū)）轄5個(gè)鎮(zhèn)、15個(gè)鄉(xiāng)，五區(qū)（東樂(lè)區(qū)）轄1個(gè)鎮(zhèn)、18個(gè)鄉(xiāng)，六區(qū)（西安區(qū)）轄5個(gè)鎮(zhèn)、20個(gè)鄉(xiāng)，七區(qū)（西平區(qū)）轄3個(gè)鎮(zhèn)、24個(gè)鄉(xiāng)。
1934年7月設(shè)5個(gè)區(qū)，下轄10個(gè)鎮(zhèn)、86個(gè)鄉(xiāng)，其中一區(qū)轄2個(gè)鎮(zhèn)、24個(gè)鄉(xiāng)，二區(qū)轄2個(gè)鎮(zhèn)、18個(gè)鄉(xiāng)，三區(qū)轄2個(gè)鎮(zhèn)、19個(gè)鄉(xiāng)，四區(qū)轄2個(gè)鎮(zhèn)、19個(gè)鄉(xiāng)，五區(qū)（即嵊泗列島）轄2個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)。
1938年4月本島淪陷，全縣劃為4個(gè)分區(qū)（原五區(qū)不歸本縣管轄），下轄3個(gè)鎮(zhèn)、68個(gè)鄉(xiāng)，其中第一分區(qū)轄2個(gè)鎮(zhèn)、21個(gè)鄉(xiāng)，第二分區(qū)轄19個(gè)鄉(xiāng)，第三分區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、13個(gè)鄉(xiāng)，第四分區(qū)轄15個(gè)鄉(xiāng)。
1945年9月設(shè)5個(gè)區(qū)和2個(gè)鎮(zhèn)區(qū)，下轄4個(gè)鎮(zhèn)、89個(gè)鄉(xiāng)。
其中一區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、24個(gè)鄉(xiāng)，二區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、17個(gè)鄉(xiāng)，三區(qū)轄19個(gè)鄉(xiāng)，四區(qū)轄21個(gè)鄉(xiāng)，五區(qū)（嵊泗復(fù)歸本縣管轄）轄2個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)。
1946年7月仍設(shè)5個(gè)區(qū)和2個(gè)鎮(zhèn)區(qū)，下轄4個(gè)鎮(zhèn)、47個(gè)鄉(xiāng)，其中一區(qū)轄11個(gè)鄉(xiāng)，二區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)，三區(qū)轄8個(gè)鄉(xiāng)，四區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、13個(gè)鄉(xiāng)，五區(qū)不變。
1946年12月第五區(qū)（嵊泗）劃出，改為省轄特別區(qū)。
1947年5月設(shè)4個(gè)區(qū)、2個(gè)縣屬鎮(zhèn)，下轄1個(gè)區(qū)屬鎮(zhèn)、20個(gè)鄉(xiāng)。
其中一區(qū)轄5個(gè)鄉(xiāng)，二區(qū)轄5個(gè)鄉(xiāng)，三區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)，四區(qū)轄6個(gè)鄉(xiāng)。
1949年6月設(shè)4個(gè)區(qū)、2個(gè)鎮(zhèn)，下轄21個(gè)鄉(xiāng)。
其中一區(qū)轄5個(gè)鄉(xiāng)，二區(qū)轄5個(gè)鄉(xiāng)、三區(qū)轄5個(gè)鄉(xiāng)，四區(qū)轄6個(gè)鄉(xiāng)。
1949年12月14日原屬本縣第五區(qū)的嵊泗列島劃歸江蘇省轄特別區(qū)。
1950年4月設(shè)8個(gè)區(qū)、2個(gè)縣屬鎮(zhèn)，下轄3個(gè)鎮(zhèn)、67個(gè)鄉(xiāng)。
其中三星區(qū)轄6個(gè)鄉(xiāng)，廟鎮(zhèn)區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)，城橋區(qū)轄10個(gè)鄉(xiāng)，長(zhǎng)興區(qū)轄8個(gè)鄉(xiāng)，新河區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)鄉(xiāng)，堡鎮(zhèn)區(qū)轄6個(gè)鄉(xiāng)，向化區(qū)轄10個(gè)鄉(xiāng)，陳鎮(zhèn)區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、9個(gè)鄉(xiāng)。
1952年7月設(shè)11個(gè)區(qū)，下轄3個(gè)鎮(zhèn)、107個(gè)鄉(xiāng)，其中三星區(qū)轄10個(gè)鄉(xiāng)，廟鎮(zhèn)區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)鄉(xiāng)，城北區(qū)轄16個(gè)鄉(xiāng)，長(zhǎng)興區(qū)轄13個(gè)鄉(xiāng)，新河區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、10個(gè)鄉(xiāng)，豎河區(qū)轄9個(gè)鄉(xiāng)，堡北區(qū)轄10個(gè)鄉(xiāng)，向化區(qū)轄13個(gè)鄉(xiāng)，陳鎮(zhèn)區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、14個(gè)鄉(xiāng)。
1956年2月設(shè)4個(gè)區(qū)和2個(gè)縣屬鎮(zhèn)，下轄3個(gè)鎮(zhèn)、46個(gè)鄉(xiāng)。
其中廟鎮(zhèn)區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、11個(gè)鄉(xiāng)，城北區(qū)轄11個(gè)鄉(xiāng)，新河區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、11個(gè)鄉(xiāng)，向化區(qū)轄1個(gè)鎮(zhèn)、13個(gè)鄉(xiāng)。
1957年9月撤區(qū)并鄉(xiāng)，設(shè)2個(gè)鎮(zhèn)和23個(gè)鄉(xiāng)。
1958年9月，23個(gè)鄉(xiāng)改為人民公社，區(qū)劃不變。
1958年12月設(shè)2個(gè)鎮(zhèn)、10個(gè)人民公社。
1959年5月設(shè)3個(gè)鎮(zhèn)、26個(gè)人民公社。
1959年后經(jīng)過(guò)圍墾先后建立8個(gè)市屬國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)和2個(gè)軍墾農(nóng)場(chǎng)。
1984年3月政社分設(shè)，人民公社改為鄉(xiāng)，崇明島設(shè)有26個(gè)鄉(xiāng)、2個(gè)縣屬鎮(zhèn)、8個(gè)市屬國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)和2個(gè)軍墾農(nóng)場(chǎng)。
1994年開始撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，至1997年3月底設(shè)20個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)。
2000年開展鄉(xiāng)鎮(zhèn)級(jí)行政區(qū)劃調(diào)整，至年底設(shè)13個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)鄉(xiāng)。
2005年5月18日經(jīng)上海市人民政府報(bào)請(qǐng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，原屬上海市寶山區(qū)的長(zhǎng)興、橫沙兩個(gè)鄉(xiāng)行政區(qū)域整建制劃入崇明縣，崇明縣設(shè)13個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)。
2008年8個(gè)市屬國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)行政管理屬地化，建立東平鎮(zhèn)、新海鎮(zhèn)2個(gè)鎮(zhèn)，至年底設(shè)15個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)。
2009年長(zhǎng)興鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。
2016年6月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，同意撤銷崇明縣，設(shè)立上海市崇明區(qū)。