清朝末期至1948年，吳家堡鎮(zhèn)屬長(zhǎng)清縣。
1951年1月，建立濟(jì)南市郊區(qū)辦事處，該鎮(zhèn)歸屬于郊四區(qū)、郊五區(qū)。
1955年6月，郊四區(qū)改名為藥山區(qū)，郊五區(qū)改名為玉符區(qū)。
1956年3月，郊區(qū)辦事處改為郊區(qū)人民政府，同時(shí)藥山鄉(xiāng)又劃分為藥山鄉(xiāng)和藥西鄉(xiāng)。
1958年，郊區(qū)劃入歷城縣，同時(shí)藥山鄉(xiāng)和藥西鄉(xiāng)又合并為藥山鄉(xiāng)。
9月成立西郊人民公社，該鎮(zhèn)隸屬西郊人民公社。
1960年6月，西郊人民公社劃歸濟(jì)南市槐蔭人民公社。
1961年7月，現(xiàn)吳家堡鎮(zhèn)范圍內(nèi)劃分二個(gè)公社（吳家堡人民公社、王莊人民公社），復(fù)隸歷城縣管轄。
1968年8月，改為太陽(yáng)升人民公社。
1972年5月，改名為吳家堡人民公社。
1980年4月，又隸屬郊區(qū)管轄。
1983年11月，改名為濟(jì)南市郊區(qū)吳家堡辦事處。
1985年9月，改為吳家堡鎮(zhèn)。
1987年5月，撤郊區(qū)隸屬濟(jì)南市槐蔭區(qū)。
1993年12月，將原屬鎮(zhèn)東部14個(gè)行政村劃歸槐蔭區(qū)美里湖辦事處，西部12個(gè)行政村劃歸西市場(chǎng)、道德街、振興街三個(gè)辦事處管轄。
1995年8月，西部原12個(gè)行政村又劃歸吳家堡鎮(zhèn)管轄。
吳家堡鎮(zhèn)隸屬槐蔭區(qū)管轄。
2013年11月，撤銷吳家堡鎮(zhèn)，設(shè)立吳家堡街道辦事處。