西周為盧子國、祝國、邿國一部分，春秋為齊盧邑、清邑地。
秦代設(shè)盧縣（治今孝里鎮(zhèn)），屬濟(jì)北郡。
西漢時(shí)為泰山郡盧縣、北安縣、茌縣和平原郡祝阿縣地，盧縣為都尉治。
東漢為濟(jì)北國治，三國魏時(shí)為濟(jì)北國盧縣、泰山郡山茌縣和濟(jì)南國祝阿縣地。
西晉時(shí)為濟(jì)北國盧縣、泰山郡山茌縣、濟(jì)南郡祝阿縣地。
南北朝時(shí)初屬南朝宋，后屬北魏，縣境為僑置東太原郡山茌縣、太原縣、祝阿縣、盧縣地。
隋開皇五年（前586）以東太原郡治所置長清鎮(zhèn)，十四年（前594）以長清鎮(zhèn)置長清縣。
因域臨清水而得名。
唐代省豐齊、山茌二縣并入長清縣。
五代又省盧縣并入長清縣。
北宋至道二年（996）長清縣治遷刺榆店，即今長清老城區(qū)，時(shí)屬京東東路濟(jì)南府。
金代屬山東東路濟(jì)南府。
元改屬泰安州。
明初屬山東行省濟(jì)南府，宣德三年（1428）后改屬山東布政使司濟(jì)南府。
清屬濟(jì)南府。
民國成立以后，曾先后屬岱北道、濟(jì)南道、山東省政府。
1939年成立長清縣抗日民主政府后，隸屬泰西專屬。
中華人民共和國成立以后，隸屬泰安專署。
1958年改屬濟(jì)南市。
1959年10月撤銷長清縣。
1961年5月復(fù)縣后劃歸泰安專署。
1978年11月還屬濟(jì)南市。
2001年6月26日撤縣設(shè)區(qū)。