明成祖永樂元年至宣德八年（1403～1433年），明朝設(shè)置阿倫衛(wèi)（今阿榮旗境），隸屬奴兒干都司。
[35]清朝時期，屬黑龍江將軍齊齊哈爾副都統(tǒng)轄區(qū)。
民國時期，屬黑龍江省龍江道。
民國二十二年（1933年）3月，偽滿洲國始設(shè)阿榮旗，偽阿榮旗公署駐紅花梁子。
民國二十三年（1934年）12月，偽滿洲國將興安東分省升格為興安東省，偽阿榮旗公署屬偽滿洲國興安東省行署管轄。
民國三十年（1941年），偽阿榮旗公署遷至那吉屯（今那吉鎮(zhèn)），隸屬偽滿洲國興安東分省行署管轄。
民國三十二年（1943年）10月，偽滿洲國興安東省被撤消，改設(shè)興安東地區(qū)，偽阿榮旗公署屬偽滿洲國興安東地區(qū)行署管轄。
民國三十四年（1945年）8月，阿榮旗獲得解放，隸屬興安省納文慕仁盟。
民國三十五年（1946年）6月，中共阿榮旗工作委員會成立。
民國三十六年（1947年）11月，首屆阿榮旗農(nóng)工牧獵聯(lián)合代表會議在那吉屯召開，阿榮旗人民政府正式成立，阿榮旗隸屬納文慕仁盟管轄。
民國三十八年（1949年）4月，納文慕仁盟與呼倫貝爾盟合并稱呼倫貝爾納文慕仁盟（簡稱呼納盟），阿榮旗隸屬呼納盟管轄。
1954年4月30日，呼納盟被撤消，合并成立呼倫貝爾盟，阿榮旗隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)呼倫貝爾盟管轄。
1969年7月，呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省，阿榮旗隸屬黑龍江省呼倫貝爾盟管轄。
1979年7月，呼倫貝爾盟由黑龍江省劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)，阿榮旗隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)呼倫貝爾盟管轄。
2001年10月10日，國務(wù)院批準撤銷呼倫貝爾盟設(shè)立地級呼倫貝爾市，阿榮旗隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)呼倫貝爾市管轄。