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東漢時期，今旗境南部雅布賴一帶屬武威郡，額日布蓋蘇木等區(qū)域?qū)購堃纯ぃ溆啻蟛繀^(qū)域?qū)脔r卑轄區(qū)。
三國時期，今旗境除南端額日布蓋蘇木等屬張掖郡外，其余區(qū)域?qū)俸游黪r卑統(tǒng)轄。
西晉時期，今旗境除南端額日布蓋蘇木等屬涼州西郡管轄、西南邊部分區(qū)域?qū)購堃纯ね�，大部分區(qū)域?qū)俸游黪r卑轄地。
東晉咸和二年（327年），今旗境屬前涼政權(quán)管轄。
前秦建元十八年（382年），今旗境歸屬前秦。
后涼麟嘉七年（395年），今旗境屬后涼。
北涼永安九年（409年），今旗境歸北涼管轄。
北魏太和二十一年（497年），今旗境屬涼州轄區(qū)。
隋大業(yè)八年（612年），今旗境南部和西南部屬武威郡、張掖郡，其余大部區(qū)域?qū)贃|突厥轄地。
唐總章二年（669年），今旗境屬呼延都督府管轄，隸關(guān)內(nèi)道單于都護府。
唐開元二十九年（741年），今旗境南部屬隴右道涼州、西南少部分區(qū)域?qū)俑手�，隸屬西河節(jié)度使。
元朝時期，今旗境基本屬甘肅行省兀剌海路管轄范圍。
明朝時期，今旗境屬襖爾都司統(tǒng)轄。
清康熙三十六年（1697年），編設(shè)阿拉善霍碩特旗，今旗境屬其西部區(qū)域。
民國時期，沿襲清制，今旗境仍屬阿拉善霍碩特旗西部地。
1949年10月15日，今阿拉善右旗屬阿拉善霍碩特旗人民政府管轄。
此后，今旗境先后屬阿拉善霍碩特自治區(qū)、阿拉善自治區(qū)、寧夏蒙古自治區(qū)、甘肅省蒙古自治州阿拉善旗、甘肅巴音浩特自治州阿拉善旗管轄。
1956年4月3日，今旗境隨阿拉善旗劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)巴彥淖爾盟（今巴彥淖爾市）管轄。
1961年4月22日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷阿拉善旗建制，設(shè)立阿拉善左旗、阿拉善右旗。
從此，阿拉善右旗成為旗縣級行政區(qū)域建制單位。
阿拉善右旗人民委員會駐雅布賴。
同年5月31日，內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會通知，將原阿拉善旗所屬雅布賴、巴音溫都爾、塔木素布魯格、巴音淖爾、烏力吉筍布爾等5個人民公社劃歸阿拉善右旗，為其行政區(qū)域。
1965年，阿拉善右旗人民委員會駐地由雅布賴遷駐額肯呼都格（俗稱上井子）。
1968年，成立阿拉善右旗革命委員會。
1969年7月5日，根據(jù)中共中央、國務(wù)院的決定，將阿拉善右旗的巴音諾爾、塔木素格布魯格、阿拉騰敖包、烏力吉、筍布爾等人民公社劃入阿拉善左旗后一并劃歸寧夏回族自治區(qū)管轄；同時，將阿拉善右旗及所轄其余人民公社，劃歸甘肅省武威地區(qū)管轄。
1979年5月30日，中共中央、國務(wù)院決定，恢復(fù)內(nèi)蒙古自治區(qū)1969年前的行政區(qū)域。
同年7月，將阿拉善右旗劃回內(nèi)蒙古自治區(qū)。
同年12月12日，按照國務(wù)院批準(zhǔn)建立阿拉善盟的決定，阿拉善右旗劃入阿拉善盟，將額肯呼都格改建為鎮(zhèn)。
1980年5月，將阿拉善左旗所轄的阿拉騰敖包、筍布爾、塔木素格布魯格3個人民公社和阿拉騰敖包牧場、塔木素格布魯格牧場劃歸阿拉善右旗管轄。
1981年，阿拉善右旗革命委員會改為阿拉善右旗人民政府，并建立阿拉善右旗人大常委會。