鲅魚圈區(qū)建制前隸屬蓋縣（現(xiàn)蓋州市）管轄。
1974年，為適應東北地區(qū)經(jīng)濟的發(fā)展需要，國家決定在原遼寧省蓋縣鲅魚圈鄉(xiāng)建設營口新港（鲅魚圈港）。
1983年，成立營口新港建設指揮部，開始施工建設，為促進港口發(fā)展，提供配套服務和有力保障。
1984年1月27日，經(jīng)國務院批準，原蓋縣鲅魚圈鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設立鲅魚圈區(qū)，隸屬營口市直接管轄。
1988年1月8日，遼寧省委、省政府決定在鲅魚圈區(qū)設立營口出口加工區(qū)，起步區(qū)0.5平方公里。
5月1日，營口出口加工區(qū)正式開工建設。
8月1日，營口出口加工區(qū)管理委員會正式成立。
1990年8月，采納了聯(lián)合國開發(fā)計劃署派營口考察專家組的建議，把營口出口加工區(qū)改名為營口新港經(jīng)濟區(qū)，繼而改稱為營口新經(jīng)濟區(qū)。
1992年4月11日，營口市委、市政府決定鲅魚圈區(qū)與營口新經(jīng)濟區(qū)合并，實行一套機構兩塊牌子的建制，即在區(qū)政府和管委會各自職能不變的情況下，實行統(tǒng)一領導、統(tǒng)一規(guī)劃、統(tǒng)一決策、統(tǒng)一實施。
1992年10月21日，國務院批準設立營口經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)，享受國家級開發(fā)區(qū)政策，起步區(qū)面積為5.6平方公里。
1993年3月1日，營口經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)管委會與鲅魚圈區(qū)政府合并方案正式實施并正常運轉(zhuǎn)。
1998年12月，按照遼寧省委、省政府的要求，營口市委、市政府出臺了《關于調(diào)整理順營口經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)與營口市鲅魚圈區(qū)管理體制的方案》，營口經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)管委會由市政府授權，對區(qū)政府代行領導和管理;區(qū)政府主要職能是為開發(fā)區(qū)和港口建設提供服務和保障，賦予管委會作為市政府派出機關應有的職能，管委會代表市政府對開發(fā)區(qū)的經(jīng)濟、社會發(fā)展和行政事務實施統(tǒng)一的領導和管理。
2004年1月8日，國務院批準調(diào)整鲅魚圈區(qū)的行政區(qū)劃，將原蓋州市的熊岳。
紅旗、蘆屯三鎮(zhèn)成建制劃入鲅魚圈區(qū)。
2015年8月14日，市委恢復組建了中共鲅魚圈區(qū)委。