清河門(mén)歷史悠久。
遠(yuǎn)在新石器時(shí)期，已有人類(lèi)在此繁衍生息。
清河邊門(mén)設(shè)于清康熙十五年（1676年），是清代柳邊21個(gè)邊門(mén)之一（后改為20個(gè)）。
清河邊門(mén)因臨清河而得名，清河門(mén)則是清河邊門(mén)的簡(jiǎn)稱(chēng)。
在較長(zhǎng)的歷史時(shí)期里，清河門(mén)屬義州轄。
清光緒十一年（1885年）建制為鎮(zhèn)。
民國(guó)元年（1912年），屬錦州義州轄。
翌年廢州制，實(shí)行省、縣制，改屬奉天省遼沈道義縣轄。
民國(guó)十八年（1929年）5月廢道制，仍屬奉天省義縣轄。
同年末，東北易幟更奉天省為遼寧省，清河門(mén)屬遼寧省義縣轄。
民國(guó)二十一年（1932年），日本侵占東三省后，建立偽滿(mǎn)洲國(guó)，改遼寧省委奉天省，清河門(mén)屬奉天省義縣轄。
民國(guó)二十三年（1934年）12月，日偽實(shí)行新省制，劃東北味為14省，設(shè)錦州省，清河門(mén)屬錦州省義縣轄。
民國(guó)三十四年（1945），日本投降，祖國(guó)光復(fù)，是年9月間，中共遼西地委成立，清河門(mén)屬遼西地委義縣轄。
民國(guó)三十五年（1946年）3月，國(guó)民黨軍隊(duì)?wèi)?zhàn)領(lǐng)清河門(mén)，清河門(mén)屬遼寧省義縣轄。
民國(guó)三十六年（1947年）11月，東北民主聯(lián)軍解放清河門(mén)。
民國(guó)三十七年（1948年）初，熱遼專(zhuān)區(qū)北阜義縣聯(lián)合政府在清河門(mén)建立，清河門(mén)隸屬熱河省遼專(zhuān)區(qū)轄，為北阜義縣第九區(qū)。
民國(guó)三十八年（1949年）5月，撤銷(xiāo)北阜義縣聯(lián)合政府，清河門(mén)改屬遼西省義縣轄，為第九區(qū)。
中華人民共和國(guó)成立后，清河門(mén)仍隸屬遼西省義縣轄。
1954年6月19日，遼西、遼東兩省合并為遼寧省，清河門(mén)屬遼寧省義縣轄，為義縣第九區(qū)。
1956～1958年，清河門(mén)隸屬遼寧省錦州專(zhuān)區(qū)義縣轄，為義縣清河門(mén)鄉(xiāng)、清河門(mén)鎮(zhèn)、清河門(mén)區(qū)。
1959年8月，清河門(mén)劃歸阜新市，并建里阜新市清河門(mén)人民公社，市年10月，隸屬阜新市郊區(qū)辦事處轄。
1980年，撤銷(xiāo)人民公社建制，改名為清河門(mén)鎮(zhèn)人民政府，仍隸屬阜新市郊區(qū)。
1983年2月21日，經(jīng)遼寧省政府批準(zhǔn)，阜新市籌建清河門(mén)區(qū)。
1983年9月20日，清河門(mén)區(qū)籌備小組正式開(kāi)始對(duì)外辦公。
1984年3月31日，清河門(mén)區(qū)人民政府成立，隸屬遼寧省阜新市轄。