民國二十七年（1938年），偽滿洲國設立紅旗村，鄉(xiāng)鎮(zhèn)級建制，屬鳳城縣。
民國三十四年（1945年），中共鳳城縣委設紅旗區(qū)，屬孤山縣。
民國三十五年（1946年），國民黨軍占領鳳城縣，改設紅旗鄉(xiāng)，鄉(xiāng)下設保（村級建制）。
民國三十六年（1947年）6月，東北民主聯(lián)軍解放鳳城。
民國三十八年（1949年）6月，撤銷孤山縣，紅旗區(qū)劃歸鳳城縣。
1951年2月，十六區(qū)（紅旗）、十八區(qū)（藍旗）、五區(qū)（白旗）合并為第二區(qū)。
1958年3月，撤銷紅旗區(qū)（第二區(qū)），分設紅旗、藍旗、楊木3個鄉(xiāng)。
1958年9月，撤銷紅旗、藍旗、楊木3個鄉(xiāng)，組建紅旗公社。
1961年7月，原藍旗鄉(xiāng)、楊木鄉(xiāng)轄地析出另行組建藍旗、楊木公社。
1983年9月，撤銷紅旗公社，設立紅旗鄉(xiāng)。
1985年8月，撤銷紅旗鄉(xiāng)，設立紅旗鎮(zhèn)。
2002年3月4日，撤銷玉龍鎮(zhèn)，將原玉龍鎮(zhèn)臺溝村劃入紅旗鎮(zhèn)。