此地早在周秦為肅慎地，漢、晉為北沃沮，北魏時期屬勿吉地，隋至唐初為拂捏靺鞨之南境，白山部之東境，后屬唐渤海國東京龍源府，遼屬東京道率兵府。
金代為完顏部肇基王業(yè)之地，屬上京海蘭路，元屬開元路，明代于此地設置建州諸衛(wèi)，明末清初東海女真兀爾喀人（兀良喀）、庫雅喇人（兀狄哈）所據(jù)。
清順治十年（1653）此地為寧古塔昂邦章京統(tǒng)轄地，康熙五十三年（1714）設置琿春協(xié)領，實行旗治（即滿洲八旗）。
雍正七年（1729）隸屬寧古塔副都統(tǒng)，同治九年（1870年）屬吉林將軍，光緒七年（1881）撤銷協(xié)領，改設琿春副都統(tǒng)，今延邊部隊分為其轄境。
光緒二十八年（1902）兼署延吉廳理事同知。
宣統(tǒng)元年（1909）改琿春副都統(tǒng)為東南路兵備道，移駐延吉。
宣統(tǒng)二年（1910）設置琿春廳，隸屬東南路道。
1913年三月改琿春廳為琿春縣，1914年六月民國政府重更道制，東南路道改為延吉道，琿春縣為延吉道所轄。
1929年廢道制，縣歸省直轄，琿春縣直隸吉林省，為二等縣，1934男偽滿州國實行省制改革，成立間島省，琿春縣由吉林省劃歸間島省所轄。
1945年東北光復，1947年公布東北新省區(qū)方案，改東北為九省，琿春縣為松江省所轄，1949年劃歸吉林省所轄，1953年9月3日延邊朝鮮族自治區(qū)成立后，琿春縣屬延邊朝鮮族自治區(qū)管轄，1955年改自治區(qū)為自治州，琿春縣屬延邊朝鮮族自治州管轄，1988年5月琿春撤縣設市。