清乾隆九年（1744），山東省昌邑縣李家郜、西營莊、徐家官莊饑民逃荒來吉林城東五里許落戶，形成屯落，按原籍取名昌邑屯，屬奉天府永吉州所轄。
乾隆十二年（1747），永吉州改為吉林廳，昌邑屯隸屬吉林廳。
清光緒八年（1882），設立吉林分巡道，吉林廳改為吉林府，昌邑屯屬吉林分巡道吉林府。
光緒三十三年（1907），吉林將軍衙門改立行省，屬吉林省吉林府。
1913年，吉林府改為吉林縣，屬吉林省吉林縣。
1915年3月，吉林省城警察廳改為省會警察廳，昌邑屯劃歸省會警察廳第三警察區(qū)所屬。
1929年吉林市政籌備處成立，警察區(qū)改為行政區(qū)，昌邑屯屬吉林市第三行政區(qū)。
東北淪陷時期，1936年4月1日，偽市公署成立。
以昌邑屯為中心，將全市劃為5個行政區(qū)，團山子屯、八家子屯、東大灘、向陽屯為偽吉林市屬昌邑區(qū)。
1938年廢保甲制，設東旭、同昌、護昌、東局子、東大灘、維昌町會。
1941年8月，將全市劃為10個區(qū)，廢町公所成立分區(qū)。
昌邑區(qū)事務所下屬向陽、同昌、維昌、護昌、康祥、永安、瑞昌、靖安8個分區(qū)。
日本投降后，1946年2月16日，建立昌邑區(qū)民主政府。
同年5月28日，國民黨政府占據(jù)吉林市期間設立昌邑區(qū)，置區(qū)公所，下設向陽等21個保，轄786甲，甲下5戶為一組。
在區(qū)、保之間設有聯(lián)保，昌邑區(qū)設向陽等8個聯(lián)保。
1948年3月9日，吉林市解放。
同年4月29日，將全市劃為城內五區(qū)、城外五區(qū)，廢區(qū)公所，置區(qū)人民政府。
昌邑區(qū)為城內五區(qū)之一，設振昌等8個閭，下為鄰。
8月13日，廢閭、鄰制，建立維昌8個街政府，下為居民組。
1949年1月12日，增設錢家屯、江灣路、振昌3個街政府。
1953年4月25日，撤銷第二區(qū)（朝陽區(qū)），將其所轄的怡春里、文廟街全部及民主路、車站街大部劃歸本區(qū)，增建怡春里、文廟、民主路、車站4個街公所。
共計領屬9個街公所。
1954年1月12日，第一區(qū)領屬的維昌等10個街公所分別易制街道居民委員會。
1955年4月19日，第一區(qū)改稱昌邑區(qū)。
同時，東大灘等9個街道居民委員會分別改為街道辦事處。
1959年1月12日，昌邑區(qū)劃分為昌邑、鐵路2個人民公社。
昌邑人民公社轄巴虎屯等10個管理區(qū)。
撤銷通天區(qū)所屬5個管理區(qū)，劃歸昌邑人民公社。
共轄15個管理區(qū)。
1960年8月1日，原15個管理區(qū)合并為東市場（怡春里、車站、桃原路3個管理區(qū)），文廟、大東門、巴虎屯、東局子、民主路、南馬路分社。
1962年3月28日，撤銷城市人民公社建制，恢復昌邑區(qū)。
昌邑、鐵路2個人民公社所屬的分社并歸昌邑區(qū)，并調整為東市場（怡春里）等12個街道辦事處。
1964年1月11日，昌邑區(qū)西界，由琿春街向東收縮至南京街和自由路。
同年8月5日，哈達灣區(qū)并入昌邑區(qū)，其所屬哈達灣、興華、蓮花泡3個街道辦事處歸昌邑區(qū)。
同年10月16日，郊區(qū)管轄的九站、頭臺子、新春、繁榮4個生產大隊劃歸昌邑區(qū)置九站街道辦事處，三道嶺子、七家子、虹園3個生產隊劃歸昌邑區(qū)哈達灣街道辦事處。
至此，昌邑區(qū)共轄11個街道辦事處。
1969年1月20日，九站街道全部、哈達灣街道所屬三道嶺子、七家子、虹園生產隊復歸市郊區(qū)。
昌邑區(qū)北界，由種馬場、新春生產大隊向南收縮至沙河子、七家子，面積減至33平方千米。
1979年5月4日，昌邑區(qū)共轄14個街道。
1981年9月17日，怡春里、維昌街道分別并歸文廟街道和新地號街道，昌邑區(qū)共轄12個街道辦事處。
1985年11月6日，延安街道、通江街道轄區(qū)各劃出一部分，組建延江街道辦事處。
至此，昌邑區(qū)人民政府共領屬東局子、新地號、延安、文廟、站前、民主、南京、蓮花、通江、興華、哈達灣、新建、延江13個街道。
1992年2月10日，原郊區(qū)孤店子鎮(zhèn)的曹家、虹光、紅衛(wèi)、孤店子、八虎、四臺子、荒地、永豐、孤家子、張家店村，九站鄉(xiāng)（除張久村、煙達木村外）和沙河子鄉(xiāng)的幸福、虹園、七家子、三道嶺村，龍?zhí)多l(xiāng)的東紅、紅升村，九站、雙吉2個街道劃歸昌邑區(qū)管轄。
同年3月4日正式調整，原郊區(qū)的九站鄉(xiāng)、孤店子鎮(zhèn)、九站街、雙吉街劃歸昌邑區(qū)。
1999年2月，將九站鄉(xiāng)、九站街劃歸吉林市經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)。
2000年1月，永吉縣的兩家子滿族鄉(xiāng)、土城子滿族朝鮮族鄉(xiāng)、河灣子鎮(zhèn)、樺皮廠鎮(zhèn)及船營區(qū)管轄的左家鎮(zhèn)劃歸昌邑區(qū)。
昌邑區(qū)轄14個街道、4個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)（包括由吉林市經(jīng)濟技術開發(fā)區(qū)代管的1個街道、1個鄉(xiāng)）。
2001年3月22日，左家鎮(zhèn)和河灣子鎮(zhèn)合并為左家鎮(zhèn)。
昌邑區(qū)共轄東局子、新地號、延安、文廟、站前、民主、蓮花、通江、興華、哈達灣、新建、延江、12個街道共68個社區(qū)和兩家子、土城子2個鄉(xiāng)，孤店子、樺皮廠、左家3個鎮(zhèn)，共85個村，面積769.92平方千米。