余干，秦始皇二十六年(公元前221年)建縣,訖今已有2231年歷史。
以境處余水之干得名為余干縣。
西漢初名余汗縣，屬豫章郡，治所即今玉亭鎮(zhèn)。
王莽始建國初年（9）改名治干縣。
三國吳稱余汗縣，改屬鄱陽郡。
南朝宋永初年間改名余干縣。
南齊又復(fù)名余汗縣。
隋開皇九年（589）又改稱余干縣，屬饒州。
元元貞二年（1296）升為余干州，屬饒州路。
明洪武初改為余干縣，屬饒州府。
民國時期，先后屬潯陽道，江西省第四行政區(qū)，第六行政區(qū)。
1949年5月7日余干解放后，先后屬鄱陽專區(qū)、樂平專區(qū)、浮梁專區(qū)，1952年改屬上饒專區(qū)。
1968年上饒專區(qū)改稱上饒地區(qū)，2000年10月上饒地區(qū)撤區(qū)設(shè)市，余干縣屬上饒市管轄。