1949年前屬橫涌鄉(xiāng)和船灣鄉(xiāng)；1949年屬十一區(qū)橫涌鄉(xiāng)和船灣鄉(xiāng)；1952年為十二區(qū)；1955年改為侯家崗區(qū)；1958年屬蓮花山墾殖場（區(qū)場社合一）；1961年又設(shè)立侯家崗區(qū)；分設(shè)橫涌、新村、城墩、高沙公社和分場；1964年撤區(qū)將所轄地分別劃歸為蓮花山墾殖場和枧田街公社；1968年為蓮花山公社（場社合一）；1972年將蓮花山公社改名為侯家崗公社；1984年撤社設(shè)侯家崗鄉(xiāng)；名稱沿用至今。
2006年軍民水庫管理局管轄的爐下、橫河兩村委會劃歸侯家崗鄉(xiāng)。