元皇慶元年（1312），改吉州路總管府為吉安路，吉安市境域分屬吉安路和臨江路。
元至正二十二年（1362），改吉安路為吉安府，臨江路為臨江府。
吉安市境仍大部屬吉安府，局部（新淦縣）屬臨江府。
明洪武九年（1376），改江西行中書省為江西承宣布政使司，下設(shè)“道”，吉安府屬分巡兼分守湖西道。
嘉靖五年（1526），析新淦地置峽江縣，與新淦同屬臨江府。
清康熙二十一年（1682），廢湖西道，吉安府隸江西承宣布政使司。
雍正九年（1731），吉安府隸分巡吉南贛道。
其中新淦、峽江縣仍屬臨江府。
1912年，廢府，吉安市境內(nèi)各縣廳直屬省轄。
1914年，設(shè)道，境內(nèi)所有縣皆屬廬陵道。
1926年，廢道，縣直屬省。
1928年5月，正式成立吉安市政府，直屬省。
1949年7月，境內(nèi)大多數(shù)縣屬吉安分區(qū)，只有新淦屬南昌分區(qū)。
1952年9月，新淦縣改屬吉安分區(qū)。
1955年，改為吉安專區(qū)。
1968年，改為井岡山專區(qū)。
1971年，改為井岡山地區(qū)。
1979年，改為吉安地區(qū)。
1992年6月，蓮花縣劃歸萍鄉(xiāng)市。
2000年5月，撤銷吉安地區(qū)和縣級(jí)吉安市，設(shè)立地級(jí)吉安市，原縣級(jí)吉安市分設(shè)吉州區(qū)和青原區(qū)。
同時(shí)，將寧岡縣與井岡山市合并，組建新的縣級(jí)井岡山市，直隸省，吉安市代管。
2014年，吉安市轄2區(qū)10縣，代管1縣級(jí)市，市政府駐吉州區(qū)。