五峰土家族自治縣，秦屬黔中郡，西漢隸武陵郡，后漢隸南郡；三國先屬蜀，后屬吳，隸宜都郡；梁屬江州，西魏屬拓州，北周屬亭州，隸資田郡（今資丘）；隋初屬睦州，后隸荊州南郡；唐初復睦州，后屬峽州郡；五代屬南平峽州；宋屬荊湖北路峽州；元屬荊湖北道峽州路，元末土司錯雜其間，長茅關（今采花鄉(xiāng)長茂司）之南，菩提隘（今長樂坪鎮(zhèn)荒口）之西，隸容美土司，歸四川管轄；明初歸湖廣管轄，明天啟七年（1627）之后，百年關（長樂坪鎮(zhèn)）以西仍屬容美宣撫司。
清初隸夷陵州，后隸荊州府。
雍正十三年（1735）改土歸流，將容美宣慰司所轄之五峰、水浕、石梁各司地，與從長陽、宜都、石門、松滋等縣劃出的部分地域合而設縣，欽定縣名“長樂”，隸屬由原夷陵州改設的宜昌府。
民國三年（1914），因與福建省、廣東省的長樂縣同名，以縣城西南五個山峰并立，且原系五峰長官司為由，更名為五峰縣。
1927年廢荊州道而直屬湖北省省政府。
1931年以后，屬宜昌行政專員公署管轄。
1949年11月全縣解放，成立五峰縣人民政府，并將原崇信鄉(xiāng)（今王畈鄉(xiāng)）劃歸宜都縣。
縣政府機關初設漁洋關。
1950年春遷至老城五峰鎮(zhèn)，屬宜昌行政公署管轄。
1957年和1958年，將長陽縣的紅漁坪鄉(xiāng)和星巖坪鄉(xiāng)相繼劃入五峰縣，1963年又將長陽縣的傅家堰區(qū)劃入五峰縣，1976年將牛莊公社的青樹坳、包二嶺兩個大隊劃歸長陽縣。
1984年7月13日，《國務院關于湖北省設立五峰土家族自治縣和長陽土家族自治縣的批復》國函〔1984〕字115號，撤銷五峰縣，設立五峰土家族自治縣。
1984年12月12日五峰土家族自治縣正式成立。
1988年撤區(qū)并鄉(xiāng)，設立5鎮(zhèn)11鄉(xiāng)（五峰鎮(zhèn)、長樂坪鎮(zhèn)、漁洋關鎮(zhèn)、仁和坪鎮(zhèn)、灣潭鎮(zhèn)、水浕司鄉(xiāng)、謝家坪鄉(xiāng)、后河鄉(xiāng)、白鹿莊鄉(xiāng)、蒿坪鄉(xiāng)、清水灣鄉(xiāng)、升子坪鄉(xiāng)、傅家堰鄉(xiāng)、采花鄉(xiāng)、牛莊鄉(xiāng)）。
1992年7月6日，《國務院關于湖北省宜昌地市合并實行市領導縣體制的批復》國函〔1992〕78號，撤銷宜昌地區(qū)，五峰土家族自治縣劃歸宜昌市領導。
1996年對鄉(xiāng)鎮(zhèn)范圍做進一步調整，將11個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，合并為8個鄉(xiāng)鎮(zhèn)（五峰鎮(zhèn)、長樂坪鎮(zhèn)、漁洋關鎮(zhèn)、仁和坪鎮(zhèn)、灣潭鎮(zhèn)、傅家堰鄉(xiāng)、采花鄉(xiāng)、牛莊鄉(xiāng)）。