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明朝屬麻城縣亭川鄉(xiāng)轄，清咸豐、光緒年間仍屬亭川鄉(xiāng)轄，民國時期屬第三區(qū)、第四區(qū)，東木區(qū)轄。
1956年合作化時期名東木區(qū)木子店鄉(xiāng)木子店社，1975年撤區(qū)并社前名為東木區(qū)木子店公社四大隊，撤區(qū)并社后為丁家坳公社木子店大隊，1981年更名為木子店公社木子店大隊，1984年2月，為木子店區(qū)木子店鄉(xiāng)木子店村，1987年9月為分設(shè)的木子店鎮(zhèn)木子店村，1993年8月為原木子店鎮(zhèn)東古城鄉(xiāng)合并后的木子店鎮(zhèn)木子店村。
2012年4月成立木子店村至今。