夏禹設(shè)九州屬荊州地。
《尚書·禹貢》（戰(zhàn)國時期魏國的人士托名大禹的中國第一篇區(qū)域地理著作）載“荊州之域”。
《尚書·禹貢·九州考》（梁啟超著）載：西至宜昌府之巴東，是荊州之界也。
《禹貢錐指》（清·明渭著）：荊之西界，無可見。
約略言之，自巴東逾江西南為建始、施州。
夏末商初。
屬廩君巴國地。
《華陽國志》（東晉·常璩著）載：“禹會諸侯于會稽，執(zhí)玉帛者萬國，巴蜀與焉�！敝�。
西周至春秋中期，屬夔子國。
春秋中期至戰(zhàn)國魯僖公二十六年（前634），屬楚國南郡巫縣。
《古今圖書集成》（清·陳夢雷著）載。
巴東縣，周，夔子國。
戰(zhàn)國，屬楚。
《湖北省建置沿革》（蔡東藩著）載：巴東縣，楚之巫郡也。
秦。
屬荊州南郡巫縣。
《古今圖書集成》載：秦漢皆巫縣地，屬南郡。
漢。
西漢，屬荊州南郡巫縣。
東漢，獻(xiàn)帝初平元年（190）屬永寧郡巫縣，建安六年（201）屬巴東郡巫縣，建安二十一年（216）屬固陵郡巫縣。
《華陽國志》載：漢獻(xiàn)帝初平元年（190）分巴東郡為三郡，以魚腹（亦為人復(fù)，今奉節(jié)）為固陵郡，郡治白帝城。
三國。
蜀章武元年（221）蜀，宜都郡地。
吳黃武元年（222年）蜀吳猇亭之戰(zhàn)后劉備兵敗后并入?yún)�，屬吳北荊州建平郡巫縣。
郡治秭歸東。
清同治版《巴東縣志》載：初屬蜀，后入?yún)�，隸北荊州建平郡巫縣。
《三國會要》（楊晨著）載：魏立北巫縣，《明帝紀(jì)》作巫縣，（漢巫縣境屬南郡，有巫山，有白帝城，且南及巴東、建始、恩施等縣）。
吳永安三年（260）屬荊州建平郡地。
晉。
晉太康元年（280）屬荊州建平郡巫、秭歸縣地，郡治巫縣。
南北朝。
南朝。
宋，泰始五年（469）屬益州建平郡歸鄉(xiāng)縣，時置三巴校尉于白帝城，立府，郡治在今舊縣。
齊，建元二年（480）屬巴州建平郡歸鄉(xiāng)縣。
北梁，普通六年（525）屬信州信陵郡歸鄉(xiāng)縣，郡治移至今五里堆。
陳，太建二年（570）屬信州信陵郡，州治安蜀城，郡治今五里堆。
北朝。
周天和三年（568），屬樂鄉(xiāng)縣。
《湖北省建置沿革》載：泰始五年（469）分荊州之巴東、建平，益州之巴西、橦梓，三巴校尉于白帝城，以孫謙為巴東、建平二郡太守，立府以鎮(zhèn)“三峽蠻”。
普通六年（525）分置建平郡，秭歸、歸鄉(xiāng)（今巴東）、新浦（今建始）三縣置信陵郡，屬信州。
后周天和三年（568）廢郡，縣改名樂鄉(xiāng)縣。
隋。
隋初（589）屬信州樂鄉(xiāng)縣，廢郡，州治白帝城，縣治從五里堆移回舊縣坪。
開皇十八年（598）樂鄉(xiāng)縣更名為巴東縣，屬信州，州治白帝城，縣治舊縣坪。
巴東縣名始后無更名。
《天和郡縣外志》（唐·李吉雨著）載：后周天和三年（568）廢郡，縣改名樂鄉(xiāng)縣，隋開皇十八年（598）改為巴東。
清同治版《巴東縣志》載：隋曰巴東，自是縣名無改。
唐。
大業(yè)三年（607）屬梁州巴東郡，郡治人復(fù)（亦稱魚腹，今奉節(jié)）。
武德二年（619）屬山南東道歸州，是年夔州分置歸州，州治秭歸。
天寶元年（742）屬山南東道巴東郡，郡由歸州改，郡治秭歸。
乾元元年（758）屬山南東道歸州，郡復(fù)為州。
五代：屬前蜀歸州，后唐同光三年（925）屬南平歸州，至后周顯德七年（960）歸宋。
宋。
北宋乾德元年（963）屬荊、湖北路歸州，咸平二年（996）分為荊湖北路。
南宋建炎四年（1130）屬夔州路歸州，紹興五年（1135）屬荊州湖北路歸州，紹興三十一年（1161）屬夔州路歸州，淳熙十四年（1187）復(fù)，十五年（1188）又隸夔。
宋乾道年間（1165-1173）縣治從江北舊縣坪移至江南金子山麓。
清同治版《巴東縣志》載：唐設(shè)采訪使，宋設(shè)安撫司，初隸湖北路，后改隸夔州路。
俱歸州巴東郡。
元。
至元二十年（1283）屬湖廣行省歸州。
至正十五年（1355）隸屬四川行省歸州。
至正二十四年（1364）屬夏主明玉珍地。
明。
洪武九年（1376）屬湖廣布政使司、荊州府、夷陵州、巴東縣。
隆慶四年（1570）屬湖廣布政使司荊州府歸州。
《明史·地理志》載：湖廣布政使司，荊州府、歸州、巴東縣，洪武九年（1376）改屬夷陵州。
隆慶四年（1570）還屬。
清。
順治元年（1644）屬南明（朝）歸州。
康熙三年（1664）屬湖北布政使司荊州府歸州。
康熙中期直隸于荊州府。
雍正七年（1729）屬湖北布政使司歸州直隸州。
雍正十三年（1735）屬湖北布政使司荊宜道宜昌府。
《清史稿·地理志》載：明置湖廣等處承宣布政使司，旋設(shè)湖廣巡撫及總督。
順治三年（1644）分置湖北布政司，領(lǐng)湖入，并設(shè)湖北巡撫。
巴東縣，屬湖北布政使司荊州府歸州。
康熙中，直隸荊州府。
雍正六年（1728）屬直隸歸州。
雍正十三年（1735）改屬宜昌府。
《湖北省建置沿革》載：湖北布政使司，荊宜道，宜昌府，巴東縣。
明嘉靖版《巴東縣志》載：元，分巴東為新化二縣，（今屬野三關(guān)鎮(zhèn)境內(nèi)）屬歸州。
明，初屬夷陵，后并新化為一縣屬歸州（分巴東為新化二縣，嘉靖后明清通志、縣志均所未錄）。
明末清初，野三關(guān)以南屬容美土司地。
《容美土司史料匯編》載。
容美土司（今鶴峰縣）轄地擴展至巴東南部，包括今楊柳池、連田、小龍、支峒、野三關(guān)、清太坪之桃符口、三里城、南潭、長灘、綠蔥坡、南方嶺。
設(shè)有長官司、副長官司、參將、千戶、族長、舍把等土官。
明嘉靖年間，巴東知縣為遏制容美土司擴展其轄地，遂設(shè)連田關(guān)、石柱關(guān)、野廂關(guān)（今野三關(guān)）巡檢司和金雞口紅砂堡、施建要道八十里楊柳荒及三尖觀召化堡。
中華民國。
《湖北縣政概況》、《鄂西志稿》載：民國三年（1914）廢府制，直隸湖北省。
民國四年（1915）屬湖北省荊州南道。
民國十一年（1922）屬湖北省荊宜道（一說為1921年）。
民國二十一年（1932）隸湖北省第十行政督察區(qū)。
民國二十五年（1936）隸屬第七行政督察區(qū)。
民國二十八年（1939）直隸于湖北省。
民國二十九年（1940）復(fù)隸屬湖北省第十行政督察區(qū)。
中華人民共和國。
1949年11月3日解放后，隸屬湖北省恩施專區(qū)。
1970年屬湖北省恩施地區(qū)。
1983年12月屬湖北省鄂西土家族苗族自治州，1984年縣人民政府駐地從老城遷至黃土坡新城。
1993年4月州更名為湖北省恩施土家族苗族自治州，隸屬關(guān)系未變。
2002年9月，縣人民政府駐地從黃土坡新城遷至西瀼坡。