民國二十四年（1935年）3月前，五指山市境內的紅毛下峒（今毛陽鎮(zhèn)）、番陽峒（今番陽鎮(zhèn)）屬崖縣管轄，水滿峒（今水滿鄉(xiāng)）、同甲峒（今南圣鎮(zhèn)）屬定安縣管轄，指（志）瑪弓（今南圣鎮(zhèn)）屬陵水縣管轄；同年3月，廣東省人民政府新設保亭、白沙、樂安（因與江西樂安縣同名，當年9月改為樂東縣）三縣，隸屬瓊崖綏靖委員會公署。
民國二十五年（1936年）12月，隸屬廣東省第九區(qū)行政督察專員公署。
通什地區(qū)分屬保亭縣、白沙縣、樂東縣。
民國三十七年（1948年），通什鄉(xiāng)劃歸保亭縣管轄。
1953年7月，廣東省海南黎族苗族自治區(qū)從樂東縣抱由鎮(zhèn)遷駐通什鄉(xiāng)。
1955年10月，海南黎族苗族自治區(qū)改為海南黎族苗族自治州，通什鄉(xiāng)為自治州首府駐地。
1963年11月，海南黎族苗族自治州黨委和州政府決定，劃保亭縣通什鎮(zhèn)紅旗公社歸廣東省海南黎族苗族自治州直接領導。
1983年5月，境內人民公社改為區(qū)公所。
1986年6月，國務院批準設立通什市（縣級），以保亭縣的暢好、紅山、毛道、南圣區(qū)，瓊中縣的五指山、毛陽區(qū)，樂東縣的番陽區(qū)及海南黎族苗族自治州直轄的通什鎮(zhèn)為通什市的行政區(qū)域，隸屬廣東省海南黎族苗族自治州。
1987年1月，通什市正式掛牌；同年12月，海南黎族苗族自治州撤銷，通什市隸屬海南行政區(qū)和海南建省籌備組。
1988年4月，海南建省辦經濟特區(qū)，通什市隸屬海南省管轄，享受民族自治地方優(yōu)惠政策。
1995年7月，管理區(qū)改為村民委員會，經濟合作社改為村民小組。
2001年2月，海南省人民政府向國務院請示將通什市更名為五指山市；同年7月，經國務院批準，通什市更名為五指山市。
2020年2月，海南省人民政府同意五指山市退出貧困縣序列。