先秦時期，黃屋屯鎮(zhèn)屬百越之地，秦始皇統(tǒng)一中國后，黃屋屯歸屬象郡所轄。
漢朝至晉朝，黃屋屯屬交州合浦郡。
南朝末元嘉，設(shè)末壽郡，梁代設(shè)安州。
唐武德五年（622年），改寧越郡為欽州總管府。
元代，改為欽州路。
民國十九年（1930年），始設(shè)黃屋屯鎮(zhèn)，屬欽縣。
民國三十年（1941年），黃屋屯鎮(zhèn)改為黃屋屯鄉(xiāng)。
1951年春，分設(shè)12個小鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），仍屬欽縣。
1957年7月，劃歸欽北僮族自治縣，分設(shè)黃屋屯、屯安、屯顯3個鄉(xiāng)。
次年秋，3個鄉(xiāng)并入大寺公社。
同年11月15日，復劃歸欽縣，設(shè)黃屋屯公社。
1984年9月，黃屋屯公社撤改為黃屋屯鄉(xiāng)，屬欽州市。
1989年9月，黃屋電鄉(xiāng)復改為黃屋屯鎮(zhèn)。
1994年10月，改屬欽州市欽南區(qū)。