先秦時期屬百越之地，唐為欽州轄地；古稱閂寨，宋太祖開寶五年（972）改稱防城，清光緒十三年（1887）劃出欽州西部設(shè)置防城縣，隸屬廣東省，民國時期至解放初，屬廣東省轄。
1949年12月成立縣人民政府，縣治防城鎮(zhèn)。
1957年7月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，將防城縣分為防城縣、十萬山僮族瑤族自治縣兩個縣。
1958年12月1日，兩縣又合并為東興各族自治縣，縣治東興鎮(zhèn)。
1978年11月26日，東興各族自治縣改名為防城各族自治縣，縣治防城鎮(zhèn)。
1993年5月，國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷防城各族自治縣，設(shè)立地級防城港市時設(shè)立防城區(qū)，區(qū)政府駐珠河街道，沿用至今。