建制始于明洪武二年（1369）。
清康熙四十四年（1705）設(shè)立英德縣浛屬懷義都流陳圖。
清道光十六年（1836）設(shè)立流陳鄉(xiāng)。
新中國(guó)成立后，設(shè)立水邊鄉(xiāng)，隸屬于英德縣第二區(qū)。
1952年3月設(shè)立英德縣第二區(qū)。
1955年8月設(shè)立水邊區(qū)。
1958年9月屬躍進(jìn)人民公社。
1959年4月從躍進(jìn)人民公社析出設(shè)立水邊人民公社；同年11月并入西牛人民公社。
1960年從西牛人民公社析出設(shè)立水邊人民公社。
1983年7月撤社設(shè)立水邊區(qū)公所，1986年11月撤區(qū)設(shè)立水邊鎮(zhèn)，沿用至今。
1995年9月劃歸清遠(yuǎn)市飛來(lái)峽管理區(qū)。
2001年10月，從原清遠(yuǎn)市飛來(lái)峽管理區(qū)劃回英德市。