先后隸屬于南海郡番禺地(秦)、博羅縣(漢三國(guó))、寶安縣(東晉咸和6年至唐全德二年)東莞縣(唐全德二年至明歷歷元年)、新安縣(明萬(wàn)歷元年至清康熙五年)、東莞縣(清康熙五年至清末)、寶安縣(民國(guó)至中華人民共和國(guó)成立前)。
1949年10月至1951年屬惠陽(yáng)縣第四區(qū);1951年11月至1957年11月屬惠陽(yáng)縣第七區(qū);1957年12月至1958年3月屬惠陽(yáng)大鵬鄉(xiāng);1958年3月1958年11月屬惠陽(yáng)縣大鵬公社;1958年11月至1983年7月屬寶安縣大鵬公社;1983年7月至1986年10月屬寶安縣大鵬區(qū);1986年10月至1993年1月屬寶安縣大鵬鎮(zhèn);1993年1月至2004年8月屬深圳市龍崗區(qū)大鵬鎮(zhèn);2004年8月至2011年11月29日屬龍崗區(qū)大鵬街道,2011年12月30日,大鵬新區(qū)成立后,此處歸屬大鵬新區(qū)大鵬辦事處。
2004年9月設(shè)立時(shí)經(jīng)深圳市龍崗區(qū)民政局批準(zhǔn),定名為水頭社區(qū)居民委員會(huì),名稱(chēng)沿用至今。