清朝初年閩南等地漁民遷居于此，從事漁耕。
清康熙二十年（1681）漸成村。
原屬澄�？h蘇灣都。
1921年廢都設(shè)區(qū)。
1949年屬蘇北區(qū)。
1950年與石丁、大圍、明德、南砂合稱新聯(lián)鄉(xiāng)，屬三區(qū)。
1958年9月成立澄�？h人民公社，屬第一支隊117團。
1959年屬蘇北人民公社。
1961年屬東隴人民公社，時南洲、明德、大圍、石丁合稱南洲生產(chǎn)大隊。
1971年9月，南洲生產(chǎn)大隊調(diào)整為南洲、明德、大圍、石丁4個生產(chǎn)大隊，屬東里人民公社。
1980年屬東里鎮(zhèn)。
1984年1月設(shè)南畔洲管理區(qū)。
1986年11月設(shè)南畔洲村。
1990年9月設(shè)南畔洲管理區(qū)。
1998年9月設(shè)南畔洲村，沿用至今。