天祝藏族在歷史上實(shí)行部落制度，藏語稱“措哇”至1936年成立天祝鄉(xiāng)共有三十六族十四寺院，1936年將永登縣所屬藏區(qū)改為天祝鄉(xiāng)，1938年天祝鄉(xiāng)又改為永登縣第四區(qū)，1940年恢復(fù)為天祝鄉(xiāng)，1949年解放后為永登縣天祝區(qū)，1950年5月6日成立天祝自治區(qū)（縣級），1953年改為天祝藏族自治區(qū)（縣級），1955年7月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，天祝藏族自治區(qū)改為天祝藏族自治縣，屬張掖專區(qū)，1961年，撤張掖專區(qū)后屬武威專區(qū)，現(xiàn)屬武威市所轄。
1950年5月自治區(qū)政府駐南沖寺，全區(qū)轄10鄉(xiāng)，1951年7月古浪縣的安遠(yuǎn)驛劃入天祝自治區(qū)，9月區(qū)政府由南沖寺遷至安遠(yuǎn)驛。
1952年全區(qū)下設(shè)6區(qū)30鄉(xiāng)。
1953年10月撤銷四區(qū)的四鄉(xiāng)、五鄉(xiāng)，成立6個鄉(xiāng)，當(dāng)時(shí)全縣共有6區(qū)34鄉(xiāng)。
1956年先后將永登縣的岔口驛鄉(xiāng)、賽什斯藏族鄉(xiāng)、古城鄉(xiāng)，武威縣的鏵尖鄉(xiāng)、南山鄉(xiāng)，永昌縣的泱翔鄉(xiāng)劃歸天祝縣，全縣為6區(qū)40鄉(xiāng)。
1958年8月，全縣撤銷區(qū)、鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）成立7個人民公社和20個牧場，同年12月，古浪縣并入天祝藏族自治縣，轄17個人民公社。
1959年2月，祁連公社劃給肅南縣，8月除鏵尖、泱翔大隊(duì)外，祁連公社劃歸天祝縣，至此全縣共11個公社。
1962年元月，恢復(fù)天祝、古浪兩縣建制，全縣改為7區(qū)48公社。
1966年撤區(qū)，全縣設(shè)30個人民公社1鎮(zhèn)10個牧場。
1968年為14個公社1鎮(zhèn)10個牧場。
1971年祁連、旦馬公社和旦馬牧場劃給武威縣，1982年又劃歸天祝，1983年全縣撤銷公社，全縣設(shè)7區(qū)45鄉(xiāng)1鎮(zhèn)，縣政府駐地安遠(yuǎn)鎮(zhèn)。
1985年10月，撤區(qū)并鄉(xiāng)為5鎮(zhèn)17鄉(xiāng)。
1988年8月1日，縣政府駐地遷至華藏寺鎮(zhèn)。
2002年石門、錢寶、賽什斯鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。
2004年進(jìn)行鄉(xiāng)政行政區(qū)劃調(diào)整，撤銷柏林鄉(xiāng)、朱岔鄉(xiāng)、松山鄉(xiāng)，設(shè)立松山鎮(zhèn)，全縣為8鎮(zhèn)11鄉(xiāng)，2009年天堂撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，2015年朵什撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。
2017年西大灘鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，2018年大紅溝、祁連、抓喜秀龍三個鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。
現(xiàn)轄華藏寺、打柴溝、安遠(yuǎn)、石門、炭山嶺、賽什斯、松山、哈溪、天堂、大紅溝、祁連、西大灘、抓喜秀龍、朵什14個鎮(zhèn)，東坪、賽拉隆、毛藏、旦馬、東大灘5個鄉(xiāng)。