1949年10月，玄馬隸屬于新堡區(qū)玄馬灣鄉(xiāng)玄馬村。
1955年11月，新堡區(qū)撤銷，房里鄉(xiāng)并入玄馬灣鄉(xiāng)，玄馬隸屬于玄馬灣鄉(xiāng)玄馬村。
1958年4月，玄馬隨玄馬灣鄉(xiāng)玄馬村并入樊家廟鄉(xiāng)。
1958年9月，將樊家廟、肖原、城關(guān)三個鄉(xiāng)合建為慶豐公社，玄馬村改稱玄馬大隊，玄馬改稱玄馬生產(chǎn)隊，隸屬于慶豐公社。
1961年5月，增設(shè)玄馬公社，玄馬生產(chǎn)隊隨玄馬大隊劃歸玄馬公社。
1962年2月，增設(shè)賈橋公社。
1965年2月，賈橋、玄馬兩公社合并為玄馬公社，玄馬大隊玄馬生產(chǎn)隊隸屬于玄馬公社。
1983年12月，玄馬公社改為為玄馬鄉(xiāng)人民政府，玄馬大隊改稱玄馬村民委員會，玄馬生產(chǎn)隊改稱玄馬村民小組。
2003年1月，撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，改稱玄馬鎮(zhèn)人民政府玄馬村民委員會。