萌底位于鎮(zhèn)區(qū)東北4公里，海拔908米，主村萌底先由游、陳兩姓拓居，明嘉靖年間（1545年左右），魏椿九從禮門黃家山遷柿洋（今仕洋）數(shù)載，復(fù)遷萌底定居。毗鄰的自然村岔頭，以蕭、鄭兩姓為主，分別從萌源、端源遷入定居。
萌底村原隸寧德縣。民國(guó)24年（1935年）6月，隸周墩特種區(qū)周墩聯(lián)保。民國(guó)29年1月，隸周墩鎮(zhèn)。民國(guó)34年8月，隸周寧縣獅城鎮(zhèn)萌源保。1950年4月，隸第一區(qū)萌源鄉(xiāng)。1956~1958年4月，隸端源鄉(xiāng)。1959年1月，隸端源公社萌底大隊(duì)。1963年3月，隸浦源區(qū)萌源鄉(xiāng)。1966年8月，從萌源鄉(xiāng)析出，成立萌底大隊(duì)。1984年8月，隸浦源鄉(xiāng)設(shè)萌底村民委員會(huì)。1995年，共241戶、1357有，設(shè)村民小組8個(gè)。
萌底村是地下革命活動(dòng)據(jù)點(diǎn)之一。民國(guó)23~24年（1934~1935年），部分貧苦農(nóng)民加入貧農(nóng)團(tuán)，進(jìn)行站崗放哨、送信，接待革命同志，常住革命同志的自然村巖4座民房遭-反動(dòng)派燒毀。民國(guó)時(shí)期，村民生活較為清貧，村里僅辦過(guò)私塾，多數(shù)人讀不起書。1952年，始辦初級(jí)小學(xué)，窮人子弟開始入學(xué)。1973年，村民自力更生修建萌底接周（寧）壽（寧）公路1.5公里的簡(jiǎn)易車道。1975年，修建2層石木結(jié)構(gòu)的大隊(duì)（村委）辦公樓，建筑面積350平方米。1983年，鋪設(shè)村道水泥混凝土路面長(zhǎng)400米。寬3米。1991年，建成引水工程管道總長(zhǎng)1220米，解決萌底、岔頭村民水問題。同年，新建石混結(jié)構(gòu)校舍1座，設(shè)6個(gè)班級(jí)，學(xué)生128人，教師10人，適齡兒童全部入學(xué)。1994年，創(chuàng)辦后坑青色石板廠。改革開放以來(lái)，全村有100多人外出經(jīng)商辦企業(yè)，少數(shù)人已先富起來(lái)，資金百萬(wàn)元。1995年，全村耕地面積1662畝，糧食總產(chǎn)量712噸，畝產(chǎn)428公斤，人均經(jīng)濟(jì)收入1800元。村民有電視機(jī)184臺(tái)，普及75%家庭；富裕戶45戶、占18.7%。全村有大學(xué)本科畢業(yè)生3人，正副處級(jí)干部2人。
自然村岔頭，清時(shí)建有延壽寺，1956年廢，1990年重建大雄寶殿和天王殿兩座，建筑面積223平方米，萌底村，1990年募建延壽庵1座，建筑面積129.65平方米。各住尼姑1人。村水尾建石拱木廊橋，長(zhǎng)18米、寬4米，凈跨6米。