早在青銅時(shí)代，九都鎮(zhèn)域內(nèi)就有人類生息，貴村溪尾山遺址曾發(fā)掘出石錛、礪石、夾砂黑陶片。
宋代屬霍山鄉(xiāng)水漈里。
明代設(shè)鄉(xiāng)、里、都、圖，現(xiàn)九都地域包括明代時(shí)九都部分及十都大部。
清代沿之。
民國時(shí)期，九都初屬二區(qū)，設(shè)有九邑鄉(xiāng)。
后屬霍童鎮(zhèn)。
1949年解放初期隸屬于八都。
1958年8月，設(shè)立九都人民公社。
1961年8月，撤銷人們公社，改稱九都區(qū)。
1966年7月復(fù)立九都人民公社。
1984年10月，撤銷公社建制，成立九都鄉(xiāng)。
1992年1月，改為鎮(zhèn)建制。
1967年之前公社機(jī)構(gòu)駐九都村，1967年之后遷扶搖村。