明代屬巴縣德義鄉(xiāng)含谷里。
清康熙四十六年（1707）屬直里四甲。
民國初以含谷場為鄉(xiāng)級政區(qū)。
1929年稱含谷里。
1930年6月建含谷鄉(xiāng)。
1935年改稱含谷聯(lián)保。
1940年與西永聯(lián)保合建西谷鄉(xiāng)。
1941年分設含谷鄉(xiāng)、西永鄉(xiāng)。
1951年12月稱含谷鄉(xiāng)。
1958年9月建含谷公社。
1959年2月改稱含谷管理區(qū)。
1960年12月復稱含谷公社。
1982年5月恢復含谷鄉(xiāng)。
1993年12月撤含谷鄉(xiāng)建含谷鎮(zhèn)。
1995年3月從巴南區(qū)劃入九龍坡區(qū)。
2001年11月并村后，地名自得名沿用至今。
2020年1月1日起，含谷鎮(zhèn)全域被納入重慶高新區(qū)直管園范圍。